净化工作台有许多可能的配置。为特定的应用理想的环境将需要仔细考虑气流，工作台设计和过滤选项。

层流方向

确定洁净工作台面的**要决定是水平或垂直层流。垂直和水平气流工作台在保持物体不受污染方面各有优缺点。工件的配置和待完成工作的性质将影响垂直还是水平**佳。面临的挑战是，当将物体放置在气流中时，它的空气动力学不是很理想，并且会阻塞一些气流，从而在其周围产生湍流。在有湍流的地方，空气交换速率降低，并且可能与相邻的气流混合。湍流会向下延伸来自物体的空气蒸汽。然后，来自湍流区域的能量可以将空气吸回上游，朝向物体。

水平流  

当工件具有大的水平表面和/或垂直于气流的狭窄横截面时，水平气流通常是**好的。水平气流也非常适合个人**直接在工件上方工作的应用。在水平流动的净化工作台上，工作对象与工人的手或仪器之间始终保持清洁的气流。当使用标准气流速度为90 LFPM（每分钟线性英尺）且工作区域为30英寸的超净工作台时，进行完整的空气交换所需的时间不到两秒钟。典型的水平层流工作站具有桌面和三面罩。HEPA过滤器位于工作表面的垂直后侧，容易损坏。有时需要使用辅助格栅来保护过滤器。

垂直流

出于多种原因使用垂直流，但是主要考虑对象的大小和类型。大物体会阻塞水平层流工作站中的气流，从而在物体的下游侧产生大面积的湍流。这些湍流区域通常在吸入周围空气时被污染。在垂直流动下，空气从顶部进入工作区域并向下流动，从而围绕工作区域内的物体。空气在前后，左右流动，并用干净的过滤空气在各个方向上冲洗物体。